Rok 2000 upłynął bez wielkich wydarzeń. Był wypełniony codzienną pracą i modlitwą. Tak jak w każdym roku czas wyznaczały: wizyta duszpasterska, Wielki Post i rekolekcje, uroczystości Triduum Paschalnego, przygotowania do I Komunii św., obchody Bożego Ciała, przygotowania do świąt Bożego Narodzenia, a w międzyczasie kursy przedmałżeńskie dla marynarzy, a także uroczyste przysięgi nowego rocznika i pożegnanie starego. Kontynuowano prace wykończeniowe przy kościele.

W 2001 r. do I Komunii św. przystąpiło aż 18-cioro dzieci. W czerwcu odbyła się autokarowa pielgrzymka marynarzy, kadry i pracowników wojska do Lichenia. Z dniem 1 lipca obowiązki duszpasterskie wikariusza parafii objął ks. ppor. Paweł Wójcik. W lipcu parafię zaszczycił swoją obecnością Biskup Polowy WP Sławoj Leszek Głódź. Zapoznał się i pozytywnie ocenił postęp prac adaptacyjnych w kościele i Caritasie. W sierpniu ks. Paweł Wójcik odprawił uroczystą Mszę świętą, na koniec której udzielił prymicyjnego błogosławieństwa.

W maju 2002 r. na poligonie Wicko i w CSMW odbyło się 3-dniowe szkolenie kapelanów wojskowych. Gościliśmy ich w wojskowym Caritasie i ośrodku "Kadet". Zajęcia teoretyczne odbyły się w CSMW, praktyczne - na poligonie oraz w Darłowie i Świnoujściu. W trakcie ćwiczeń wizytę kapelanom złożył biskup polowy Wojska Polskiego Leszek Sławoj Głódź. Przeprowadzono renowację ołtarza i figury św. Marka Ewangelisty. Zamontowano także nowy witraż - dar od dzieci pierwszokomunijnych i ich rodziców. I Komunia św. zgromadziła rekordową ilość, bo aż 27 dzieci. Na uroczystość Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Maryi Panny do kościoła została zakupiona figura Matki Bożej. Figura została wykonana z drewna lipowego i ustawiona z lewej strony ołtarza. Ukończono także stację Drogi Krzyżowej i zakupiono nagłośnienie do kościoła.

Na początku 2003 roku proboszcz zorganizował zbiórkę jedzenia dla rodzin najuboższych. 2 marca 2003 na Mszy św. odbyło się uroczyste poświęcenie Drogi Krzyżowej. Poszczególne stacje ofiarowali nasi parafianie. W maju na pielgrzymkę do Lourdes udała się 8 osobowa grupa marynarzy z CSMW. Podczas letnich wakacji nasz kościół odwiedziło wielu kuracjuszy i turystów z całej Polski, wypoczywających w Ustce i pobliskich miejscowościach.

W 2004 roku pomieszczenia piwniczne budynku Caritas zostały wyremontowane i adoptowane do funkcji kuchni i stołówki ośrodka. Zaplecze kuchenne i stołówkowe dla 120 osób zostało wyposażone nowocześnie i w myśl obowiązujących norm. W tym samym roku ukończono nowe ogrodzenie. Otacza ono obiekt Kościoła Garnizonowego i budynek Centrum Charytatywno-Społecznego Caritas. Fundament i słupki ogrodzenia są murowane, natomiast panele wykonano w technice metaloplastyki.

W miesiącu marcu 2006 r. wikary ks. kmdr. ppor. Paweł Wójcik zakończył służbę w tut. parafii i został skierowany do Inowrocławia, gdzie objął obowiązki proboszcza Parafii Wojskowej pw. Św. Barbary i Św. Maurycego. Na zdjęciu: Uroczystość pożegnania w sali tradycji CSMW. Obowiązki wikariusza decyzją Biskupa Polowego WP gen. bryg. Tadeusza Płoskiego objął z dniem 18 marca 2006 r. ks. kpt. Stanisław Garbacik. Ksiądz Stanisław święcenia kapłańskie otrzymał 1.06.2003 r. z rąk księdza biskupa Sławoja Leszka Głódzia. Pooprzednio pełnił obowiązki jako wikariusz w parafii wojskowej p/w Św. Barbary w Gliwicach

Od 1 października 2006 r. Ośrodek Caritas przy parafii przystąpił do realizacji ogólnopolskiego projektu Caritas Polska pod nazwą "Indywidualne ścieżki kariery zawodowej szansą dla osób niepełnosprawnych", finansowanego ze środków Unii Europejskiej pod nadzorem Państwowego Funduszu Rehabilitacji Osób Niepełnosprawnych. Realizacja projektu zaplanowana jest na 16 miesięcy tj. od 01.10.06 do 31.01.08. W ramach projektu dla osób niepełnosprawnych z powiatu słupskiego odbywają się 32 10-dniowe warsztaty w trybie dziennym i stacjonarnym w sumie dla 160 osób. Warsztaty miały na celu wsparcie osób z I i II grupą inwalidzką poprzez określenie predyspozycji i możliwości zawodowych, doskonalenie umiejętności społecznych i zawodowych oraz wypracowanie zdolności osób niepełnosprawnych do zatrudnienia.